Als Ludwig II. In der Schlacht bei Mochatsch fiel, ging die Krone Ungarns auf das Haus Habsburg über. Der Nachfolger Ludwigs II. Wurde sein Schwager Ferdinand von Habsburg. Da die Habsburger damals auch deutsche Kaiser waren, wurde das zukünftige Schicksal Ungarns engstes mit dem Schicksal Deutschlands bzw. Österreichs verbunden.
Reformation und der Dreißigjährige Krieg in Deutschland machten ein erfolgreiches Vorgehen gegen die Türken unmöglich. Nur ein weiteres Vorgehen der Türken konnte abgewehrt werden. Die Belagerung Wiens im Jahre 1683 durch die Türken bedeutet den letzten Höhepunkt der türkischen Gefahr. Der Ausspruch Kara Mustaphas, des an der Spitze von 200000 Türken stehenden türkischen Oberbefehlshabers: „Ich mache Wien zur Türkenstadt. Sankt Stephan zur Moschee“, zeigt das Vorhaben der Türken und die Gefahr für Europa und die Christenheit.
Es gelang jedoch dem Ersatzheer des Kaisers, das durch Reichstruppen, bayrische und polnische Verbände , verstärkt war, unter dem Oberbefehl des kaiserlichen Feldherrn Herzog Karl von Lothringen die Türken am Kahlenberg in der Sonntagsschlacht am 12. September 1683 zu schlagen und Wien zu befreien.
Der Kaiser entschließt sich jetzt, die Türken aus Europa zu verdrängen und die christlichen Völker Ungarns und des Balkans zu befreien. Fähige deutsche Feldherren helfen dem Kaiser dieses Befreiungswerk zu vollbringen. Soldaten aller deutschen Stämme werden von Herzog Karl von Lothringen, der den Beinamen „Eroberer von Ungarn erhält“, bei Ofen 1686, bei Mohatsch, Zombor und Batsch zu glänzenden Siegen über die Türken geführt. Weitere erfolgreiche Siege über die Türken führte Max Emanuel von Bayern bei Belgrad 1688, Markgraf Ludwig Wilhelm I. von Baden, genannt der „Türkenlouis“ bei Slankemen 1691, und vor allem der unvergesslich große Sieger Prinz Eugen, der „edle Ritter“, bei Zenta 11.09 1697. Der Frieden von Karlovic 1699 galt auf 25 Jahre.
Das Temescher Banat verblieb weiterhin unter türkischer Herrschaft, die Batschka kam an den Kaiser bzw. an Ungarn. Erst nach der Niederschlagung des Aufstandes des Fürsten Rakocy II. mit dem Frieden von Sathmar 1711 konnte der Kaiser wieder an den südlichen Teil des Reiches denken. So erfocht Prinz Eugen 5.8.1716 bei Peterwardein, bei Temeschwar 12.10.1716 und bei Belgra 16.08.1717 seine weiteren Siege über die Türken. Großbetschkerek wurde im selben Jahr ohne Kampf übergeben. Es bedurfte also eines 33- jährigen, allerdings öfter unterbrochenen Befreiungskrieges, um ganz Ungarn von den Türken zu säubern. Diesen Krieg führten der deutsche Kaiser und die deutschen Reichsfürsten, und man findet auf dem Boden Ungarns, Jugoslawiens und Rumäniens heute die Gräber von mehr als dreißig deutschen Fürsten, die im Kampfe für die Befreiung Ungarns fielen. Und viele tausend unbekannter Soldaten aller deutschen Stämme musste ihr Blut lassen, damit Ungarn wieder frei und christlich europäischen Kultur zugänglich werde.
Die Ungarn waren auch jetzt wieder uneinig, ein Teil unter Rakoczy und Tököly widersetzten sich den Habsburgern und ihren Befreiungsherren und kämpften zusammen mit den Türken, ein anderer Teil aber ging mit dem Kaiser, der ja auch ungarischer König war. Es sind mindestens so viele Deutsche als Soldaten in den Kämpfen mit den Türken um die Befreiung Ungarns gefallen, wie sich später Deutsche Ansiedler in Südungarn niederließen. Um nur ein Beispiel anzuführen, opferte allein Bayern in den Feldzügen gegen die Türken 30000 Söhne und zahlte dem Kaiser 15 Millionen Gulden. Erst nach dem Frieden von Passarowitz am 21. Juli 1718 kamen das Banat und die südlich gelegenen Gebiete an Österreich.